抛开伦理道德不谈，许多业内科学家也对这种通过对个体CCR5基因的破坏来实现其对艾滋病免疫的疗法持有怀疑态度。

其一，该研究所使用的基因编辑技术存在脱靶效应。

基因编辑，就是利用各种分子生物学的手段对目标基因进行删除、替换、插入等操作，以获得新的功能或表型，甚至创造新的物种。贺建奎所使用的CRISPR/Cas9这种基因编辑技术虽然已经趋于成熟，但是其可能存在的脱靶效应也是众所周知的。也就是说，它不能保证百分之百精确实现目的基因的编辑。

其二，选择CCR5作为基因靶点的合理性有待商榷。

据贺建奎在社交网络上发布的视频称，北欧人群中大概有十分之一的人天然存在CCR5基因的缺失，许多科学研究也表明这一缺失与他们对艾滋病免疫有着重大关联。

他也指出，一些仍在研发期的针对艾滋病的特效药的机理也是试图通过药物分子来阻断CCR5基因的功能，因而，选择CCR5作为免疫艾滋病的靶点是十分具有科学依据的。

这一点遭到了一些相关专家的质疑。据北京大学分子医学研究所研究员刘颖称，CCR5缺失已经被实验证实会造成免疫缺陷，导致其他病毒的易感甚至肿瘤的发生。也就是说，这种艾滋病免疫的获得可能伴随着其他病毒感染风险的大大提升，甚至可能会引发癌症。

其三，通过基因编辑技术手段生产艾滋病免疫后代意义不大。

艾滋病一直是众多发展中国家的心头大患之一，尤其是在经济相对落后的地区，公众往往谈艾色变。

然而，艾滋病没有那么可怕。在HIV病毒感染的72小时内服用阻断药，治愈的概率大于99%。超过72小时，只要尽早接受对应治疗，通过服药也能终生控制。

对于有生育需求的艾滋病患者，如果仅仅是父亲患病，通过洗精和试管婴儿技术能百分之百生出健康的孩子；如果仅仅是母亲患病，应用母婴阻断技术也可以保证98%以上生出健康宝宝的概率。显然，基因编辑这种操作精度高并且花销大的方案并不十分适用于广大普通的艾滋病患者。